La principal causa de halitosis, desde el punto de vista digestivo, es la infección gástrica por la bacteria Helicobacter pylori, la cual genera en la mucosa gástrica un gas, llamado ureasa, que se elimina por los pulmones provocando, por tanto, mal aliento. Esta patología tiene tratamiento erradicador. Una vez eliminada la bacteria, la halitosis desaparece. 

Los hígados cirróticos descompensados (cuando el hígado prácticamente no es viable) también producen un tipo de halitosis muy específica de esta patología, recordando el olor a una manzana en mal estado. Otras causas pueden ser alteraciones en las fermentaciones y putrefacciones que tienen lugar en el intestino y que van acorde con el tipo de alimentación de la persona que lo padece.  

Para combatir estas alteraciones está indicada la toma periódica de probióticos, que favorecen el equilibrio de la flora intestinal y refuerzan, además, el sistema inmunológico protegiéndolo de mircroorganismos patógenos. Los alimentos especialmente causantes de halitosis por la excesiva fermentación y putrefacción intestinal y que se podrían evitar son, entre otros, coliflor, brócoli, repollo, lechuga y algunas legumbres especialmente ricas en celulosa. En el caso de tomarlos, y para evitar tanto los gases como la halitosis, es recomendable la ingesta paralela de neutralizantes como son el hinojo y/o el carbón vegetal activado.